Die Akademie vereint ihre inhaltlich verwandten kurz- und langfristigen Forschungsvorhaben in Zentren. Die Zentren der Akademie haben die Aufgabe, die Kommunikation zwischen den Vorhaben zu intensivieren und die verschiedenartigen Kompetenzen breit nutzbar zu machen. Sie sollen darüber hinaus die Kooperationsfähigkeit mit universitären und außeruniversitären Einrichtungen stärken und einrichtungsübergreifende Exzellenzcluster in Berlin und Brandenburg katalysieren helfen und die Sichtbarkeit der Akademieforschung innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft ebenso wie in der Öffentlichkeit erhöhen. Schließlich spielen die Zentren eine wichtige Rolle bei der Bestimmung des Forschungsportfolios der Akademie und der wissenschaftlichen Betreuung der Projekte.