Il Foggia nel campionato di Serie C1 2006-2007 si è classificato al quarto posto. Disputa i Play-off, superando in semifinale la Cavese, ma soccombendo nella finale, persa nel doppio confronto con l'Avellino nei tempi supplementari. Sono stati promossi il Ravenna diretto e l'Avellino che ha vinto i Play-off.
Se in campionato il Foggia ha perso per un soffio la Serie B, sul filo di lana del traguardo, i satanelli si sono rifatti in Coppa, mettendo in bacheca il trofeo della Coppa Italia di Serie C per la prima volta. Il lungo percorso che ha portato il Foggia al successo è iniziato vincendo il girone H eliminatorio con 10 punti, davanti a Giugliano, Lanciano, Val di Sangro e Giulianova. Nella fase ad eliminazione diretta nel primo turno supera nel doppio confronto il Benevento vittoria (0-2) in trasferta e sconfitta (0-1) in casa; nel secondo turno ha eliminato la Cavese pareggiando (0-0) in trasferta e vincendo (1-0) allo Zaccheria; negli ottavi di finale ha superato la Ternana con una doppia vittoria (1-0) in casa e (1-2) in trasferta; poi nei quarti di finale contro il Teramo si sono resi necessari i tempi supplementari, vittoria (1-0) in casa e sconfitta (2-1) nel ritorno, dopo i 120 minuti di gioco. In semifinale contro il Gallipoli i dauni pareggiano (0-0) in casa e vincono (1-2) in puglia, qualificandosi per la finale, nella quale hanno superato il Cuneo pareggiando (0-0) in trasferta e vincendo (3-1) in casa.
^Giornata rinviata all'11 marzo 2007, per lutto e condanna dei gravi fatti avvenuti a Catania il 2 febbraio 2007, nell'anticipo di Serie A Catania-Palermo, con la morte dell'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
Rosa di FOGGIA Stagione 2006-07, su FullSoccer - Il calcio in statistica. URL consultato il 13 agosto 2015 (archiviato dall'url originale il 24 settembre 2015).