L'esordio del Matera nella Coppa Italia 1979-1980 non è particolarmente felice in quanto affronta la Lazio allo Stadio Flaminio perdendo per 5-0. L'esordio in campionato, il primo e unico dei biancazzurri in Serie B, è invece decisamente migliore. Il Matera infatti mette a segno la prima rete del campionato di Serie B 1979-1980. Dopo soli sei minuti di gioco il centrocampista Aldo Raimondi porta i lucani in vantaggio contro il Genoa allo stadio Luigi Ferraris. Il vantaggio del Matera viene poi vanificato dal pareggio di Odorizzi e la gara termina 1-1. La prima partita di serie B disputata dal Matera in casa è quella con il Taranto davanti a oltre 15.000 spettatori, record assoluto di presenze per lo stadio materano, terminata 1-0 per i biancazzurri con un rigore per gli ospiti parato da Casiraghi e una rete da antologia dell'ala Luciano Aprile[1].
Nonostante alcuni risultati prestigiosi (vittorie a Genova contro la Sampdoria e a Bergamo contro l'Atalanta e successo interno contro il Verona) e un buon girone di andata terminato al 14º posto in piena zona salvezza[2], il Matera crolla nel girone di ritorno; alla quinta giornata di ritorno, nella fase cruciale della stagione, il contestatissimo annullamento di un gol di Florio al 90º minuto contro il Monza causa incidenti che portano alla squalifica del campo per due giornate, e da allora in poi il rendimento della squadra cala vertiginosamente. I lucani terminano così la stagione all'ultimo posto, superati dal Parma all'ultima giornata e a 8 punti dalla salvezza, e di conseguenza retrocedono in serie C1.