La data esatta in cui nacque il Falkirk è incerta[1]: tradizionalmente il club e i tifosi riportano l'anno 1876, mentre altri resoconti indicano l'anno successivo. Ad ogni modo, nel 1878 entrò a far parte della Scottish Football Association ed esordì in Scottish Cup. Oltre a questo torneo, nei primi anni il club disputò solo amichevoli e giocò in tre stadi differenti (Hope Street, Randyford Park e Blinkbonny Park) prima di trasferirsi al Brockville Park nel 1884. L'anno prima era stata fondata la Stirlingshire Football Association, comprendente i club della regione, e con essa la Stirlingshire Cup, che il Falkirk vinse alla prima edizione.
Dopo aver giocato molte amichevoli, match regionali e di Scottish Cup, nella stagione 1902-1903 il Falkirk prese parte Scottish Football League, iniziando dalla seconda serie, la Scottish Division Two.
Alla terza stagione di Division Two il Falkirk si piazzò secondo, dietro al Clyde, e venne promosso in Scottish Division One.
Nella stagione 1907-08, dopo tre anni dall'approdo in massima serie, il Falkirk si piazzò al secondo posto (con 103 gol segnati, in media circa 3 a partita), posizione poi ripetuta nel 1909-10; in entrambe le occasioni arrivò alle spalle del Celtic. Nel 1913 vinse la sua prima Scottish Cup, sconfiggendo in finale 2-0 il Raith Rovers.
Negli anni successivi non fece risultati di rilievo, nonostante l'acquisto record per £5000 di Syd Puddefoot dal West Ham nel 1922: in quella stagione arrivò quarto e fu la migliore prestazione del periodo. Retrocesse al termine della stagione 1934-35, arrivando ultimo dopo 30 stagioni nella massima serie. Tuttavia vinse subito la Division Two, realizzando ben 132 reti, e ritornò in Division One, che disputò fino al 1939, quando i campionati si fermarono per la Seconda Guerra Mondiale.
I campionati ripresero per la stagione 1946-47 e il Falkirk ripartì dalla massima serie. Nel 1948 arrivò in finale della Scottish League Cup (nata nella stagione precedente), dove perse 4-1 al replay contro l'East Fife, dopo che il primo match era terminato 0-0. Retrocesso nel 1951, l'anno successivo fu di nuovo in Division One.
Nel 1957 arrivò in finale di Scottish Cup e superò il Kilmarnock per 2-1 nel replay (dopo l'1-1 nella prima partita), tornando al successo dopo 44 anni.
Nei successivi decenni il Falkirk fece la spola tra prima e seconda divisione: tra il 1958 e il 1996 totalizzò sette retrocessioni e altrettante promozioni, compreso il periodo in Scottish Second Division tra i campionati 1976-77 e 1979-80, quando questa diventò la terza serie in seguito alla fondazione della Premier Division.
Nel 1997 arrivò in finale di Scottish Cup per la terza volta nella sua storia, ma perse 1-0 contro il Kilmarnock.
Il Falkirk si classificò secondo in First Division per due anni consecutivi (1997-98 e 1998-99), ma con la fondazione della Scottish Premier League vennero aboliti i play-off promozione tra la seconda della First Division e la penultima della massima serie. L'anno successivo, con la Scottish Premier League in procinto di ampliarsi da 10 a 12 squadre, le prime due squadre della First Division (St. Mirren e Dunfermline) furono promosse in massima serie, mentre il Falkirk terzo classificato avrebbe dovuto giocare i play-off contro l'Aberdeen, ultimo della SPL. Emerse però il problema dello stadio in caso di promozione:
i criteri della SPL prevedevano uno stadio con capienza da 10 000 posti, ma il Brockville Park non era a norma. Il Falkirk propose di giocare i match interni al Murrayfield Stadium di Edimburgo, ma la federazione rifiutò e i play-off non si disputarono.
Dopo aver sfiorato più volte la promozione, in First Division 2001-02 scivolò invece fino al nono posto, ma evitò la retrocessione per il fallimento degli Airdrieonians. La stagione seguente, invece, il Falkirk tornò a lottare per la promozione e concluse al primo posto, ma non risolse la grana dello stadio: era stata presa la decisione di giocare in massima serie all'Excelsior Stadium di Airdrie, ma la SPL rifiutò questa soluzione.
Di fronte alla seconda promozione sfumata, il Falkirk decise di costruire un nuovo stadio.
Durante il 2005, la capienza minima per la SPL fu ridotta a 6 000 e il nuovo Falkirk Stadium era pronto. In campionato il Falkirk arrivò primo e fu finalmente promosso in Scottish Premier League.
Nell'annata seguente raggiunse la salvezza (10º posto), poi nella stagione 2006-07 si piazzò settimo e batté in casa sia il Celtic sia i Rangers; sconfisse il Celtic ai calci di rigore anche nei quarti di finale della Scottish League Cup, in cui raggiunse la semifinale.
Il Falkirk classificò 10º in Scottish Premier League 2008-2009, ma nella stessa stagione raggiunse la finale di Coppa di Scozia, e seppur sconfitto per 1-0 dai Rangers, si qualificò in Europa League come finalista perdente della coppa nazionale (in quanto i Rangers avevano già avuto l'accesso tramite il campionato) qualificandosi a una coppa europea per la prima volta nella sua storia. In Europa League gli scozzesi battono il Vaduz 1-0 in casa, ma perdono 2-0 fuori casa e vengono eliminati subito dalla coppa. In campionato la squadra arrivò ultima e retrocesse.
Ritornato in First Division, il Falkirk concluse le stagioni 2010-11 e 2011-12 al terzo posto. Nel 2012 vinse la Scottish Challenge Cup battendo 1-0 l'Hamilton Academical e stabilì il record di quattro Challenge Cup in bacheca.
Nello stesso anno giunse in semifinale della Coppa di Lega dopo aver eliminato Dundee United e Rangers, ma a quel punto perse contro il Celtic. L'anno dopo fece un ottimo cammino in Scottish Cup: superati lo Stenhousemuir, il Forfar Athletic e l'Hamilton, in semifinale si arrese all'Hibernian, che rimontò i tre gol presi nel primo tempo e vinse 4-3 ai supplementari.
In Championship 2013-14 (nuova denominazione della First Division) si classificò terzo a tre punti dal Dundee capolista e a un solo punto dall'Hamilton secondo. Nella stagione successiva, nonostante il quinto posto in campionato, ha raggiunto la finale di Coppa di Scozia, ma è sconfitto dall'Inverness per 2-1.
Si è classificato secondo nelle stagioni 2015-16 e 2016-17, nel primo caso ha perso la finale play-off contro il Kilmarnock, nel secondo è stato eliminato in semifinale dal Dundee United. Nel campionato 2017-18 arriva ottavo; invece nel successivo, dopo un'annata trascorsa per la maggior parte all'ultimo posto, retrocede in League One. Qui si classifica secondo nel campionato 2019-20, interrotto per la pandemia di COVID-19, senza poter ambire a disputare i play-off in quanto annullati. Nelle stagioni successive è invece al di fuori dalla zona play-off: quinto nel 2020-21 e sesto nel 2021-22.
Nel campionato 2022-23 arriva secondo dietro al Dunfermline e si qualifica per i play-off, ma è sconfitto già alla prima partita dagli Airdrieonians, terzi della stagione regolare, che si impongono con un netto 7-2 complessivo tra andata e ritorno. L'anno seguente, invece, si classifica al primo posto ottenendo la promozione diretta e il ritorno in Championship dopo cinque stagioni.
Dal 2004 il Falkirk disputa le partite casalinghe al Falkirk Stadium, che attualmente ha una capienza di 8.000 persone. Come stadio di casa ha sostituito il precedente Brockville Park (1885-2003).