Andrea Tonti a commencé sa carrière en 1999 avec l'équipe cycliste italienne Cantina Tollo. Trois ans plus tard, il rejoint Saeco, où il court durant trois ans. En 2005, il est membre de l'équipe ProTourLampre-Fondital. En 2006, avec l'équipe Acqua & Sapone, il remporte ses deux seuls succès professionnels, une étape de la Bicyclette basque et le Grand Prix Fred Mengoni. En 2007, il rejoint Quick Step pour deux saisons en tant qu'équipier.
À la fin de la saison 2010, il met un terme à sa carrière comme coureur et il devient directeur sportif de l'équipe continentaleD'Angelo & Antenucci-Nippo[1], puis en 2012 manager sportif de l'équipe continentale japonaise Nippo.