Der Magi-Krieg ist ein zentrales Handlungselement aus Final Fantasy VI, das sich 1000 Jahre vor den Geschehnissen des Spiels ereignete. Damals waren die Menschen schon wesentlich weiter entwickelt als heute, jedoch warf der Krieg die technische Entwicklung massiv zurück, und Magie verschwand nahezu vollständig.
Er wurde durch einen Streit des Kriegstriumvirats ausgelöst, dessen Verlauf eskalierte und im Krieg resultierte. Jeder der Götter scharte Heerscharen von Menschen um sich, um die anderen beiden bekämpfen zu können, und manche Menschen verwandelten die Götter in Esper, die magische Fähigkeiten erhielten und ihr Aussehen massiv veränderten, um dadurch einen Vorteil zu erhalten. Jedoch konnten die neu geschöpften Esper ihre Kräfte nicht vollständig kontrollieren und begannen, Städte zu attackieren und Verwüstungen anzurichten. Es gelang sogar Menschen, einige Esper zu fangen und sie ihrer Magie zu entziehen. Diese entzogene Kraft flößten sie sich selbst ein und erhielten dadurch ebenfalls die Macht der Magie. Dies waren die sogenannten Magi.
Zahlreiche Schlachten wurden geschlagen, darunter auch diejenige im Palast der Vergessenheit, bei der der amtierende Regent Odin versteinert wurde. Auch die beiden Ultima-Waffen entstanden in dieser Zeit, sowie zahlreiche gefährliche Monster und Bestien. wie Hunbaba, Thanatos oder die Acht Drachen.
Die Götter stellten jedoch fest, dass ihre Fehde zur Auslöschung der Welt führen könnte, und so besonnen sie sich wieder und versteinerten sich selbst. Sie trugen den Espern auf, diese Statuen zu bewachen und den Aufenthaltsort zu versiegeln, um einen Missbrauch ihrer Macht zu verhindern. Die Esper wurden seitdem nicht mehr gesehen, bis ihre Heimat von Gestahl gefunden wurde.
Die Menschen fürchteten sich vor den Magi und vertrieben sie. Am Ende ihrer Flucht ließen sie sich auf der Halbmondinsel nieder und gründeten Thamasa. Die Fähigkeiten gingen im Laufe der Zeit immer weiter zurück, allerdings beherrscht noch immer jeder Einwohner Thamasas mehr oder weniger stark ausgeprägte Magie.
Erst langsam konnten sich die Welt und die Menschen auf ihr von den Schrecken des Krieges erholen und ihre Zivilisation wieder entwickeln.