Au cours des deux années qui suivent, Flickinger déçoit. Il connaît une saison 2004 difficile, puis ne remporte qu'une victoire en 2005, une étape du Circuit de la Sarthe[1]. En 2005, Flickinger n'est pas sélectionné pour le Tour de France, Vincent Lavenu lui préférant l'Australien Simon Gerrans. Déçu, il rejoint l'année suivante Bouygues Telecom pour deux ans. Il fait des classiques et du Tour d'Italie ses objectifs de début de saison[1], mais termine 38e de Paris-Roubaix, et ne termine pas le Tour d'Italie. Après une dernière saison chez les professionnels où il prend la 9e place du Tour de Picardie, il abandonne la route pour se consacrer au cyclisme sur piste.