Egg Utopia jest poziomem rozgrywającym się na stacji kosmicznej Doktora Eggmana. Gracz porusza się zarówno po wewnętrznych częściach bazy jak i wewnętrznych.
Jak w przypadku wielu innych poziomów o tematyce kosmicznej, w Egg Utopia pojawiają się sekcje z odwróconym przyciąganiem grawitacyjnym. Oznaczone są one zielonymi znakami ze strzałkami, wskazującymi w którą stronę działa przyciąganie (podobne do tych z Crazy Gadget). Pojawiają się tutaj także działa (przypominające te z Cosmic Angel Zone) do których gracz może wskoczyć. Działa przemieszczają swoje lufy od góry do dołu, a gracz może się w dowolnym momencie z nich wystrzelić. Inne obiekty z wcześniej wspomnianego poziomu to także kolczaste kule, przemieszczające się w powietrzu.
Pojawiają się tu również rakiety, do których gracz może wsiąść. Mechanizmy te suną po ziemi, po czym wyrzucają postać do przodu. Można tu również spotkać pomarańczowe szyny i słupy, po których gracz opuszcza się w dół. Po pochyłych stokach gracz może często przemieszczać się stojąc na ruchomej platformie. Zewnętrzne części poziomu stanowią otwartą przestrzeń kosmiczną, z licznymi przepaściami.
Po przejściu obu aktów gracz staje do walki z bossem - Egg Frog. Podczas walki gracz może zmieniać przyciąganie grawitacyjne, skacząc. Pozwala to uniknąć ataków Egg Froga. Boss strzela bowiem rakietą ze swojego kokpitu. Przy wybuchu pocisk emituje bardzo długą falę uderzeniową, rozciągającą się na prawie całą trasę. Poza pociskami, należy również uważać na nogi Egg Froga.
