Het eerste georganiseerde voetbal dat gespeeld werd in Werkendam vond plaats tijdens de mobilisatie in de periode 1914-1918 door militairen die in het dorp gelegerd waren. Pas enige tijd later, in 1924, werd de eerste voetbalclub opgericht: de Werkendamse Voetbal Vereniging (WVV). Kort daarna ontstonden ook andere voetbalverenigingen als Door Vrienden Opgericht (DVO), Samenspel Overwint Werkendam (SOW) en Excelsior, maar die verdwenen weer even snel. De clubs hadden in die jaren moeite om leden aan zich te binden, aangezien een groot deel van de bevolking buitenaf werkte in de Biesbosch en de hele week (of weken) van huis was.
Op 13 april 1932 werd SVW (Steeds Voorwaarts Werkendam) opgericht om een tweede vereniging in Werkendam in het leven te roepen als tegenhanger van DVO. Toen in 1935 SVW werd overgeschreven van de Brabantsche Voetbalbond (BVB) naar de KNVB bleek er al een vereniging met die naam te bestaan in Gorinchem, waardoor dat jaar de naam werd gewijzigd van SVW in Kozakken Boys. De nieuwe clubnaam heeft te maken met de 'Kozakkenstoep', een plaatselijk terrein langs de Merwede waar veelal door de voetbalvereniging gespeeld werd. Het terrein dankt zijn naam aan de Kozakken, die in 1813 op deze plaats de rivier de Merwede overstaken op hun historische tochten door Europa.
In 1939 is WVV opgehouden te bestaan, waarna een groot deel van de leden zich liet overschrijven naar de Boys. Sindsdien is Kozakken Boys de enige voetbalclub in Werkendam. De club speelde altijd al op zaterdag en tekende het convenant dat opgesteld was tussen de KNVB en de Belangenvereniging Zaterdagvoetbal (BZV) om te kunnen garanderen dat wedstrijden op zaterdag gespeeld kunnen worden.
Tot en met de Tweede Wereldoorlog speelde de Kozakken Boys binnen de amateurafdelingen van de Brabantsche Voetbalbond en later de KNVB. Vanaf 1940 promoveerde clubs uit het hoogste niveau van de Brabantsche Voetbalbond (BVB) naar de Vierde Klasse van de KNVB. De opmars startte vanaf 1945 en sindsdien heeft de Kozakken Boys zich in de opeenvolgende decennia gestaag vanuit de 4e klasse zaterdagamateurs opgewerkt naar het hoogste amateurniveau.
Vanaf seizoen 1970-1971 werd de Eerste klasse ingevoerd in het amateurvoetbal, waarin de Boys vanaf de start aanwezig waren. In deze periode werd het eerste kampioenschap in de hoogste klasse gevierd in het seizoen 1984-1985. In dit seizoen werd vervolgens met SV Spakenburg en GVVV gestreden om de zaterdagtitel. De Kozakken Boys en Spakenburg eindigden gelijk en was er een beslissingswedstrijd nodig. Uiteindelijk won Spakenburg de algehele zaterdagtitel in de laatste minuten met 3-2, na een onderbreking van een halfuur, terwijl van beide teams twee spelers uit het veld werden gestuurd.
Een volgend noemenswaardig seizoen was dat van 1989-1990, dit werd in mineur afgesloten met een 14e plaats, waarna degradatie naar de Tweede Klasse een feit was en er niet meer op het hoogste niveau werd gevoetbald. In het volgende seizoen 1990-1991 werd dit hersteld door het kampioenschap van de tweede klasse en promotie naar de Eerste Klasse. Direct daarna werd deze positieve lijn doorgetrokken en werden in 1992, 1993 en 1995 titels gevierd op het hoogste niveau. In de deze periode werd het algeheel zaterdagkampioenschap niet gewonnen.
Per seizoen 1996-1997 werd de Hoofdklasse ingevoerd door middel van herbenoeming van de drie Eerste klassen naar Hoofdklasse. Hierin werd uitgekomen tot seizoen 2002-2003, want dat jaar werd afgesloten op de 14e positie en was degradatie naar de Eerste klasse een feit. Net als de degradatie in voorgaande periode duurde het niet uitkomen op het hoogste amateurniveau ook slechts één seizoen, aangezien in het daarop volgende seizoen direct een kampioenschap werd gevierd en de terugkeer in de Hoofdklasse werd gerealiseerd.
Het seizoen 2009-2010 werd beëindigd op de 8e positie, waardoor promotie naar de ingevoerde Topklasse niet werd behaald. Vanaf het seizoen 2010-2011 bleef Kozakken Boys spelen in de Hoofdklasse, het op een na hoogste amateurniveau.
De doelstelling van de Kozakken Boys was om zo snel als mogelijk de promotie naar de Topklasse te realiseren. Deze strijd duurde twee seizoenen, want seizoen 2011-2012 bleek zeer succesvol. Het reguliere seizoen in de Hoofdklasse B werd beëindigd op de 2e plaats, waarbij het kampioenschap met een punt achterstand werd gemist. Tot op de laatste speeldag streden Scheveningen en ASWH samen met de Kozakken Boys om de titel, waarbij alle drie de ploegen hun wedstrijd wonnen en het kampioenschap uiteindelijk werd gevierd in Scheveningen. Deze teleurstelling kwam men snel te boven door voor de eerste maal in de geschiedenis de Districtsbeker Zuid I te winnen. Als bekroning op het seizoen werd in de nacompetitie de promotie afgedwongen naar de Topklasse, zodat de Boys in seizoen 2012-2013 weer op het hoogste amateurniveau voetbalt.
Voor Kozakken Boys is seizoen 2014-2015 een historische gebleken: onder leiding van trainers Arie Schep, Danny Buijs en Ton Cornelissen werd Kozakken Boys kampioen van de Topklasse Zaterdag. Daarmee was de club voor het eerst in zijn bestaan algeheel zaterdagkampioen van Nederland.
In deze periode werd ook diverse malen uitgekomen in het KNVB bekertoernooi, met als hoogtepunt het bereiken van de achtste finale (laatste zestien) in seizoen 2015-2016. Tegen AZ werd in een thuiswedstrijd met 3-1 verloren, waarin de beslissing pas in de laatste 10 minuten tot stand kwam. Zo ver waren De Boys nog nooit gekomen en geldt als een van de hoogtepunten in de historie van de club.
Vanaf seizoen 2016-2017 is door de KNVB de Tweede divisie weer in het leven geroepen, waarbij vanuit de zaterdagamateurs de eerste zeven voetbalclubs uit de Topklasse seizoen 2015-2016 zich zouden plaatsen. Met een vierde plaats konden ze uit gaan komen in de Tweede Divisie.
Op 24 augustus 2016 wist Kozakken Boys zich te plaatsen voor het hoofdtoernooi van de KNVB Beker 2016/17 door met 1-5 te winnen van AFC. In de eerste ronde wist Kozakken Boys op 20 september 2016 met 3-0 te winnen van EerstedivisieclubHelmond Sport. Op een vol Sportpark de Zwaaier werd er dankzij goals van Raily Ignacio, Gwaeron Stout en Everton Pires Tavares voor het eerst in de historie in een officieel duel gewonnen van een betaald voetbalteam.
In de tweede ronde van de KNVB beker werd Kozakken Boys door Eljero Elia, die de loting verrichtte, gekoppeld aan AFC Ajax. Negen jaar na het eerste wedstrijd tegen Ajax mochten ze opnieuw aantreden tegen deze tegenstander. Op woensdag 26 oktober 2016 verloren ze met 6-1 op De Zwaaier.
In de eerste jaren werd gevoetbald op velden in de uiterwaarden van de Merwede aan de Kozakkenstoep langs de Sleeuwijksedijk. Nadelen van deze locatie waren dat bij hoog water de velden onder water kwamen te staan en dat de voorzieningen minimaal waren. Pas in de jaren vijftig werden plannen om een voetbalcomplex te bouwen concreet en verhuisde de club in 1959 naar een nieuwe locatie langs de Wilgenlaan. Deze locatie lag in een nieuwbouwwijk die nog in ontwikkeling was en in de jaren erna werd het complex omsloten door een viertal lanen. In 1979 kreeg het sportcomplex dan ook de toepasselijke naam De Vierlaan. Vanaf het moment dat dit complex werd betreden zijn gaandeweg, voornamelijk door vrijwilligers, de kleedkamers, kantine en uiteindelijk ook een tribune gebouwd.
De vereniging groeide en speelde in de hoogste amateurklasse, maar uitbreiden was niet mogelijk. De locatie van De Vierlaan was inmiddels voor de gemeente een interessante locatie geworden om een andere bestemming te geven, naar later bleek onder andere de nieuwbouw van het Gemeentehuis van Werkendam. Na jaren van overleg werd in de jaren negentig een nieuwe locatie gevonden aan de buitenzijde van het dorp.
Aan het einde van de 20e eeuw begon de bouw van het nieuwe sportcomplex in de Werkense Polder en in 2001 betrokken de Kozakken Boys Sportpark de Zwaaier. De Zwaaier heeft met zijn moderne faciliteiten en zestal velden een goede basis om de groei van de vereniging te huisvesten en aan de eisen te voldoen voor de hoogste klassen van het amateurvoetbal.
Het sportcomplex biedt ruimte aan 5000 toeschouwers[1], waarvan 600 overdekte zitplaatsen op de tribune aan de westzijde. Sinds de zomer van 2013 is er aan de oostzijde een overkapping boven de staantribune over de gehele breedte van het veld. Deze staantribune heeft de naam 'De Kozakkenstoep' gekregen.
Onderstaande grafiek laat het gemiddelde aantal supporters zien van de thuiswedstrijden op De Zwaaier vanaf het seizoen 2004/05.[2]
1000
0900
1000
1100
1000
1100
1000
1100
1100
1300
1500
1400
1100
0900
1300
1100
04/05
05/06
06/07
07/08
08/09
09/10
10/11
11/12
12/13
13/14
14/15
15/16
16/17
17/18
18/19
19/20
Toeschouwersaantallen op het sportpark De Zwaaier zijn gemiddeld rond de 1.100. In seizoenen waar Kozakken Boys meedraait in de top stijgt dit richting de 1.500. Bij topwedstrijden zijn toeschouwersaantallen van meer dan tweeduizend niet ongewoon. Het hoogste toeschouwersaantal op sportpark De Zwaaier bedraagt 5.000, in de bekerwedstrijden tegen Ajax en AZ.