Die Naniten stark vergrößert durch einen difraktionalen polarimetrischen Scan.
Naniten sind Roboter, die sich durch ihre sehr geringen Abmessungen auszeichnen. Sie sind so klein, dass sie für das menschliche Auge nicht sichtbar sind.
Die von der Föderation entwickelten Naniten werden vorwiegend in der Gentechnologie eingesetzt. Sie werden dort in Zellen eingepflanzt. Sofern sie nicht während einer Operation im Einsatz sind, müssen sie deaktiviert aufbewahrt werden. (TNG: Die Macht der Naniten)
Die Funktion von Naniten kann durch Gammastrahlung niedriger Dosis eingeschränkt werden. Starke Gammastrahlung vernichtet Naniten. (TNG: Die Macht der Naniten)
Infolge einer Unachtsamkeit werden während eines Experiments mit Naniten bei Sternzeit 43125 auf der USS Enterprise die Computersysteme des Schiffes angegriffen. Wesley Crusher versucht in diesem Experiment, die Naniten weiterzuentwickeln, indem er ihnen die Kommunikation untereinander ermöglicht. Es hat Erfolg, aber zwei dieser Naniten entkommen dabei und beginnen daraufhin, sich selbst zu replizieren und dabei Materialien aus Computerchips zu verwerten. Durch die Vermehrung entwickeln sich die Naniten selbstständig weiter; sie entwickeln schließlich eine künstliche Intelligenz und bedrohen Schiff und Besatzung. Es gelingt schließlich Lieutenant Commander Data, die Kommunikation mit den Naniten herzustellen. Ihrer Forderung nach einer Umsiedlung wird nachgekommen. Kavis Alpha IV als ihre neue Heimatwelt gewählt. (TNG: Die Macht der Naniten)
Die Idee, Naniten zur Verteidigung gegen die Borg zu züchten, kommt 2366 während des Borg-Zwischenfalls auf, wird aber nicht in die Realität umgesetzt, da die Entwicklung einer geeigneten Nanitenkultur mehrere Monate in Anspruch nehmen würde. (TNG: Angriffsziel Erde)
Die Borg selbst haben ebenfalls Naniten entwickelt, die Nanosonden genannt werden. Sie dienen dem ersten Schritt der Assimilation von Fremdindividuen, indem sie unter die Haut injiziert werden, und die erste einfache Kontrolle über ihre Opfer übernehmen. (Star Trek: Der erste Kontakt)
2372 nutzt der Doktor Naniten um DNA-Material aus der Kopfwunde des Mordopfers Frank Darwin zu gewinnen. Dadurch kann er den Mörder Lon Suder überführen. (VOY: Gewalt)
Der Doktor entwickelte unter Verwendung von Borg-Naniten eine Abwehrwaffe gegen Spezies 8472. (VOY: Skorpion, Teil I)