Bacteroidota

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Les Bacteroidota – anciennement Bacteroidetes – sont un embranchement (ou encore phylum, ou division) du règne des Bacteria. Son nom provient de Bacteroides qui est le genre type de cet embranchement.

Ces bactéries sont largement répandues dans l'environnement, notamment dans le sol, dans les sédiments, l'eau de mer et dans les intestins d'animaux.

Introduction

De loin, la classe des Bacteroidales est l'une des plus étudiées, notamment les genres Bacteroides (organismes abondants dans les selles des animaux à sang chaud, dont les humains) et Porphyromonas (un groupe d'organismes vivant dans la cavité buccale de l'Homme).

Les membres du genre Bacteroides sont des agents pathogènes opportunistes, rarement membres des deux autres classes de pathogènes pour l'Homme.

Le chercheur Jeffrey Gordon et ses collègues ont constaté que la flore intestinale des humains obèses possède un pourcentage plus faible de bactéries du phylum Bacteroidetes. Toutefois, ils ne savent pas si les Bacteroidetes peuvent prévenir l'obésité ou si cette flore intestinale n'est pas simplement préférée par l'intestin chez les personnes non obèses^[2]^,^[3]^,^[4].

Taxonomie

Étymologie

L'étymologie du nom du phylum Bacteroidota est la suivante : Bac.te.ro.i.do’ta N.L. masc. n. Bacteroides, genre type du phylum; N.L. neut. pl. n. suff. -ota, suffixe pour désigner un phylum; N.L. neut. pl. n. Bacteroidota, le phylum des Bacteroides^[5].

Nomenclature

Cet embranchement est proposé dès 2010 par N.R. Krieg et al. dans la deuxième édition de Bergey's Manual of Systematic Bacteriology sous le nom de « Bacteroidetes »^[6]. Ce n'est qu'en 2021 qu'il est publié de manière valide par Oren et Garrity^[1] après un renommage conforme au code de nomenclature bactérienne (le nom de l'embranchement devant être dérivé de celui de son genre type, en l'occurrence Bacteroides, par adjonction du suffixe -ota conformément à une décision de l'ICSP en 2021^[7]).

Liste des classes

Selon LPSN (30 septembre 2022)^[8] :

Bacteroidia Krieg 2012
Chitinophagia Munoz et al. 2017
Cytophagia Nakagawa 2012
Flavobacteriia Bernardet 2012
Saprospiria Hahnke et al. 2018
Sphingobacteriia Kämpfer 2012

Cet embranchement comporte également plusieurs genres incertae sedis (positionnement taxonomique incertain).

Notes et références

↑ ^{a et b} (en) A Oren et GM Garrity, « Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 71, n^o 10,‎ 25 octobre 2021, p. 5056 (DOI 10.1099/ijsem.0.005056)
↑ (en) Ley R, Bäckhed F, Turnbaugh P, Lozupone C, Knight R, Gordon J, « Obesity alters gut microbial ecology », Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, n^o 31,‎ 2005, p. 11070–5 (PMID 16033867, DOI 10.1073/pnas.0504978102)
↑ (en) Ley R, Turnbaugh P, Klein S, Gordon J, « Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity », Nature, vol. 444, n^o 7122,‎ 2006, p. 1022–3 (PMID 17183309, DOI 10.1038/4441022a)
↑ (en) Turnbaugh P, Ley R, Mahowald M, Magrini V, Mardis E, Gordon J, « An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest », Nature, vol. 444, n^o 7122,‎ 2006, p. 1027–31 (PMID 17183312, DOI 10.1038/nature05414)
↑ (en) « Phylum Bacteroidota », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 10 octobre 2022)
↑ Krieg NR et al. « Phylum XIV. Bacteroidetes phyl. nov. » In : Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W & Whitman WB (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2ème édition, vol. 4 (The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes). Springer, New York, 2010. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-0-387-68572-4_3
↑ Oren A et al. « Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum » Int J Syst Evol Microbiol. 2021;71(6):004851. Accès libre.
↑ List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 30 septembre 2022

Liens externes

Sur les autres projets Wikimedia :

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Bacteroidota, sur Wikispecies

Ressources relatives au vivant :
- Global Biodiversity Information Facility
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
(en) Référence Catalogue of Life : Bacteroidetes Krieg et al., 2012 (consulté le 11 décembre 2020)
(en) Référence Tree of Life Web Project : Bacteroidetes (consulté le 24 novembre 2017)
(en) Référence NCBI : Bacteroidetes (taxons inclus)

Portail de la microbiologie

[Oren2021-1] {a et b} (en) A Oren et GM Garrity, « Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 71, n^o 10,‎ 25 octobre 2021, p. 5056 (DOI 10.1099/ijsem.0.005056)

[Gordon_2005-2] (en) Ley R, Bäckhed F, Turnbaugh P, Lozupone C, Knight R, Gordon J, « Obesity alters gut microbial ecology », Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 102, n^o 31,‎ 2005, p. 11070–5 (PMID 16033867, DOI 10.1073/pnas.0504978102)

[Ley_2006-3] (en) Ley R, Turnbaugh P, Klein S, Gordon J, « Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity », Nature, vol. 444, n^o 7122,‎ 2006, p. 1022–3 (PMID 17183309, DOI 10.1038/4441022a)

[Turnbaugh_2006-4] (en) Turnbaugh P, Ley R, Mahowald M, Magrini V, Mardis E, Gordon J, « An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest », Nature, vol. 444, n^o 7122,‎ 2006, p. 1027–31 (PMID 17183312, DOI 10.1038/nature05414)

[LPSNBacteroidota-5] (en) « Phylum Bacteroidota », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 10 octobre 2022)

[Krieg_2010-6] Krieg NR et al. « Phylum XIV. Bacteroidetes phyl. nov. » In : Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W & Whitman WB (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2ème édition, vol. 4 (The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes). Springer, New York, 2010. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-0-387-68572-4_3

[7] Oren A et al. « Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum » Int J Syst Evol Microbiol. 2021;71(6):004851. Accès libre.

[LPSN30_septembre_2022-8] List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 30 septembre 2022

[1]