Snurportin1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SNUPN.[5][6]

SPN1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1XK5, 2P8Q, 2Q5D, 2QNA, 3GB8, 3GJX, 3LWW, 3NBY, 3NBZ, 3NC0

Identifikatori
AliasiSNUPN
Vanjski ID-jeviOMIM: 607902 MGI: 1913319 HomoloGene: 4166 GeneCards: SNUPN
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za SPN1
Genomska lokacija za SPN1
Bend15q24.2Početak75,598,083 bp[1]
Kraj75,626,469 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za SPN1
Genomska lokacija za SPN1
Bend9|9 BPočetak56,858,162 bp[2]
Kraj56,890,490 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija RNA cap binding
vezivanje sa RNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
nuclear import signal receptor activity
Ćelijska komponenta citoplazma
citosol
jedrova pora
jedro
intracellular anatomical structure
Biološki proces snRNA import into nucleus
protein import into nucleus
spliceosomal snRNP assembly
import into nucleus
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_005701
NM_001042581
NM_001042588

NM_178374

RefSeq (bjelančevina)

NP_001036046
NP_001036053
NP_005692

NP_848461

Lokacija (UCSC)Chr 15: 75.6 – 75.63 MbChr 9: 56.86 – 56.89 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Jedarni unos splajsosomskih snRNP-ova U1, U2, U4 i U5 ovisi o prisutnosti složenog jedarnog lokalizacijskog signala. Potonji je sastavljen od 5'-2,2,7-terminalne trimetilguanozinske (m3G) kapičaste strukture U snRNK i Sm jedarnog domena. Protein koji kodira ovaj gen specifično djeluje s m3G-kapom i funkcionira kao jedarni unosni receptor specifičan za snRNP. Za ovaj gen identificirane su Alternativno prerađene varijante transkripta koje kodiraju isti protein.[6]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 360 aminokiselina, a molekulska težina 41.143 Da.[7].

1020304050
MEELSQALASSFSVSQDLNSTAAPHPRLSQYKSKYSSLEQSERRRRLLEL
QKSKRLDYVNHARRLAEDDWTGMESEEENKKDDEEMDIDTVKKLPKHYAN
QLMLSEWLIDVPSDLGQEWIVVVCPVGKRALIVASRGSTSAYTKSGYCVN
RFSSLLPGGNRRNSTAKDYTILDCIYNEVNQTYYVLDVMCWRGHPFYDCQ
TDFRFYWMHSKLPEEEGLGEKTKLNPFKFVGLKNFPCTPESLCDVLSMDF
PFEVDGLLFYHKQTHYSPGSTPLVGWLRPYMVSDVLGVAVPAGPLTTKPD
YAGHQLQQIMEHKKSQKEGMKEKLTHKASENGHYELEHLSTPKLKGSSHS
PDHPGCLMEN
Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

Huber et al. (1998) opisali su izolaciju [[cDN>K]] i kloniranje proteina od 45 kD, zvanog snurportin-1, koji specifično komunicira sa m3G-kapom, ali ne i sa m7G-kapa-strukturama. Snurportin-1 je pojačao jedarni eksport U snRNP-a ovisan o m3G-kapici u oocitima Xenopus laevis i HeLa-ćelijama permeabiliziranim digitaloninom, pokazujući da djeluje kao jedarni uvozni receptor specifičan za snRNP. Čini se da snurportin-1 prepoznaje m3G-kapicu, a ne SM jedro NLS, što ukazuje da najmanje dva različita receptora za unos komuniciraju sa složenim snRNP NLS-om. Snurportin-1 je jedarni importni receptor koji sadrži N-terminalni importin-beta-vezujući (IBB) domen, bitan za funkciju, i C-terminalni m3G-vezni region bez strukturne sličnosti sa domenom ponovnog punjenja importina -alfa (KPNA2; 600685). Koristeći UV test umrežavanja, identificirali su snurportin-1 kao protein sposoban da veže m3G-kapicu. Protein je izoliran, fragmentiran u peptide i mikrosekvenciran. Odgovarajući EST identificirani su iz internetskih baza podataka i sastavljeni u cDNK pune dužine, za koju se predviđa da kodira protein od 360 aminokiselina, s molekulskom težinom od 41 kD.[8]

Funkcija gena

uredi

Narayanan et al. (2002) izvijestili su da mutantnom snurportinskom konstruktu nedostaje IBB domen, ali koji sadrži netaknuti domen koji veže kapu TMG, lokaliziranu prvenstveno u jedru, dok je snurportin pune dužine lokaliziran u citoplazmi. Snurportin je komunicirao sa SMN, Gemin3, Sm snRNPs i importin-beta.[9]

U prisustvu ribonukleaza, interakcije sa SMN i Sm proteinima su ukinute, što sugerira da snRNK mogu posredovati u ovoj interakciji. Studije frakcioniranja ćelija pokazale su da se snurportin prvenstveno veže za citoplazmatske SMN komplekse. Pored toga, SMN je izravno stupio u interakciju s importinom-beta u GST-padajućem testu, što sugerira da SMN kompleks može predstavljati Sm jezgarni NLS receptor predviđen u prethodnim studijama. Autori su zaključili da, nakon sastavljanja SM proteina, SMN kompleks može opstati do završnih faza sazrijevanja citoplazmatskog snRNP i može pružiti RNP somatskih ćelija alternativni NLS.

Biohemijska svokstva – Kristalna struktura

uredi

Dong et al. (2009) predstavili su kristalnu strukturu CRM1, rezolucije 2,9 angstroma, vezane za snurportin-1. Snurportin-1 veže CRM1 bipartitno, pomoću N-terminalnog jedarnog eksportnog signala bogatog leucinom (LR-NES) i njegovi domeni koji vežu nukleotide.[10]

LR-NES je kombinirana alfa-heliksom proširena struktura koja zauzima hidrofobni žlijeb između 2 CRM1 vanjske spirale. Interfejs LR-NES objašnjava konsenzusni hidrofobni obrazac, preferenciju za intervenciju elektronegativnih ostataka i inhibiciju leptomicina B. Drugi signalni epitop jedarnog eksporta osnovna je površina na domenu vezivanja nukleotida snurportina-1, koja veže kiselo obojenje na CRM1 u blizini lokacije LR-NES. Višestrano prepoznavanje pojedinačno slabih jedarnih izlaznih signalnih epitopa može biti zajedničko supstratima CRM1, poboljšavajući vezivanje CRM1 izvan LR-NES, uglavnom niskog afiniteta. Slična energetska konstrukcija koristi se također u višestraničnim signalima jedarne lokalizacije, kako bi se pružila široka specifičnost supstrata i brza evolucija u jedarnom transportu. Monecke et al. (2009) predstavili su kristalnu strukturu izlaznog kompleksa SPN1-CRM1-RanGTP, pri rezoluciji od 2,5 angstroma. SPN1 je adapter za jedarni unos za citoplazmatski sastavljene splajsosomne U snRNP-ove s kapacijom od m3G. Struktura je pokazala kako CRM1 može specifično vratiti oblik SPN1, bez tereta u citoplazmu. Opsežno kontaktno područje uključuje pet hidrofobnih ostataka na amino-terminalu SPN1, koji se spajaju u hidrofobnu pukotinu CRM1, kao i brojne hidrofilne kontakte CRM1 na m3G domenu, koji veže kapu i karboksilne terminalne ostatke SPN1. Zaključili su da RanGTP promovira vezivanje tereta za CRM1 isključivo putem dugoročne konformacijske promjene u eksportu.[11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000169371 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000055334 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Huber J, Cronshagen U, Kadokura M, Marshallsay C, Wada T, Sekine M, Luhrmann R (Sep 1998). "Snurportin1, an m3G-cap-specific nuclear import receptor with a novel domain structure". EMBO J. 17 (14): 4114–26. doi:10.1093/emboj/17.14.4114. PMC 1170744. PMID 9670026.
  6. ^ a b "Entrez Gene: SNUPN snurportin 1".
  7. ^ "UniProt, O95149". Pristupljeno 19. 7. 2021.
  8. ^ Huber, J., Cronshagen, U., Kadokura, M., Marshallsay, C., Wada, T., Sekine, M., Luhrmann, R. Snurportin1, an m3G-cap-specific nuclear import receptor with a novel domain structure. EMBO J. 17: 4114-4126, 1998. PubMed: 9670026
  9. ^ Narayanan, U., Ospina, J. K., Frey, M. R., Hebert, M. D., Matera, A. G. SMN, the spinal muscular atrophy protein, forms a pre-import snRNP complex with snurportin1 and importin beta. Hum. Molec. Genet. 11: 1785-1795, 2002. PubMed: 12095920
  10. ^ Dong, X., Biswas, A., Suel, K. E., Jackson, L. K., Martinez, R., Gu, H., Chook, Y. M. Structural basis for leucine-rich nuclear export signal recognition by CRM1. Nature 458: 1136-1141, 2009. Note: Erratum: Nature 461: 550 only, 2009. PubMed: 19339969
  11. ^ Monecke, T., Guttler, T., Neumann, P., Dickmanns, A., Gorlich, D., Ficner, R. Crystal structure of the nuclear export receptor CRM1 in complex with snurportin 1 and RanGTP. Science 324: 1087-1091, 2009. PubMed: 19389996

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi

SNUPN detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.