Tirozinski fosfatazoliki protein PTPLAD1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom PTPLAD1.[5][6][7] Sabbah et al. (2006) utvrdili su da promotorska regija PTPLAD1 sadrži proksimalne CG kutije i nekoliko mjesta vezivanja za faktore transkripcije.[8] Patficia Hartz (2014) mapiraka je gen PTPLAD1 na [[hromosom 15|hromosomu 15, sekvenca 15q22.31. na osnovu poravnanja PTPLAD1 sekvence (GenBank AF161470) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[9] Dugolančane masne kiseline (LCFA) mogu se pretvoriti u vrlo dugolančane masne kiseline (VLCFA) pomoću enzima vezanih za endoplazmatski retikulum (ER) u četverostepenom ciklusu kondenzacije, redukcije, dehidracije i dalje redukcije, uz dodavanje 2 ugljika po ciklusu. PTPLAD1 pripada porodici enzima koji kataliziraju korak dehidracije sinteze VLCFA (sažetak Ikeda et al., 2008).

PTPLAD1
Identifikatori
AliasiHACD3
Vanjski ID-jeviOMIM: 615940 MGI: 1889341 HomoloGene: 9494 GeneCards: HACD3
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za PTPLAD1
Genomska lokacija za PTPLAD1
Bend15q22.31Početak65,530,418 bp[1]
Kraj65,578,349 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za PTPLAD1
Genomska lokacija za PTPLAD1
Bend9|9 CPočetak64,894,265 bp[2]
Kraj64,928,975 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0005097, GO:0005099, GO:0005100 GTPase activator activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
lyase activity
vezivanje enzima
3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity
3-hydroxy-lignoceroyl-CoA dehydratase activity
3-hydroxy-behenoyl-CoA dehydratase activity
3-hydroxy-arachidoyl-CoA dehydratase activity
very-long-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity
Ćelijska komponenta integral component of membrane
Jedarna membrana
endoplasmic reticulum membrane
membrana
focal adhesion
Endoplazmatski retikulum
mitohondrija
citosol
integral component of endoplasmic reticulum membrane
Biološki proces positive regulation by virus of viral protein levels in host cell
lipid metabolism
small GTPase mediated signal transduction
fatty acid metabolic process
JNK cascade
fatty acid biosynthetic process
very long-chain fatty acid biosynthetic process
Rho protein signal transduction
fatty acid elongation
positive regulation of viral genome replication
Rac protein signal transduction
I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling
GO:0032320, GO:0032321, GO:0032855, GO:0043089, GO:0032854 positive regulation of GTPase activity
sphingolipid biosynthetic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_016395

NM_021345

RefSeq (bjelančevina)

NP_057479

NP_067320

Lokacija (UCSC)Chr 15: 65.53 – 65.58 MbChr 9: 64.89 – 64.93 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 362 aminokiseline, a molekulska težina 43.160 Da.[10]

1020304050
MENQVLTPHVYWAQRHRELYLRVELSDVQNPAISITENVLHFKAQGHGAK
GDNVYEFHLEFLDLVKPEPVYKLTQRQVNITVQKKVSQWWERLTKQEKRP
LFLAPDFDRWLDESDAEMELRAKEEERLNKLRLESEGSPETLTNLRKGYL
FMYNLVQFLGFSWIFVNLTVRFCILGKESFYDTFHTVADMMYFCQMLAVV
ETINAAIGVTTSPVLPSLIQLLGRNFILFIIFGTMEEMQNKAVVFFVFYL
WSAIEIFRYSFYMLTCIDMDWKVLTWLRYTLWIPLYPLGCLAEAVSVIQS
IPIFNETGRFSFTLPYPVKIKVRFSFFLQIYLIMIFLGLYINFRHLYKQR
RRRYGQKKKKIH

Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

Korištenje mišjeg Bind1 za ispitivanje cDNK biblioteke ljudskog mozga, Courilleau et al. (2000) klonirali PTPLAD1, koji su označili BIND1. Izvedeni protein od 370 aminokiselina ima značajnu sličnost sa PTPLA i p23 (PTGES3). Northern blot analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju Bind1 u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u sjemenicima, bubrezima, mozgu i jetri, a znatno nižom u skeletnim mišićima, slezeni i srcu. Ortolozi PTPLAD1 otkriveni su u C. elegans' (obla glista) i S. cerevisiae (kvasac) PCR-om biblioteke cDNK u ćelijama HEK293, Ikeda et al. (2008) klonirali su PTPLAD1, kojeg su označili kao HACD3. Izvedeni protein od 362 aminokiseline ima šest transmembranskih domena i PTP-sličan motiv između transmembranskih domena 2 i 3. Northern blot analizom otkrivena je varijabilna ekspresija prevladavajućeg transkripta HACD3 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, osim u leukocitima. Najjača ekspresija bila je u mozgu, bubrezima, jetri i posteljici. Epitop-označen kao HACD3 eksprimiran je u ER-u transficiranih HeLa ćelija.

Funkcija gena

uredi

Natrij-butirat je reverzibilni inhibitor histon-deacetilaze, što rezultira hiperacetilacijom histona i promjenama u ekspresiji gena da inducira diferencijaciju i inhibira proliferaciju ćelija. Korištenjem PCR analize diferencijalnog prikaza, Courilleau et al. (2000) otkrili su da natrij-butirat inducira ekspresiju mišjeg Bind1. Ljudski BIND1 je direktno stupio u interakciju s RAC1 u transficiranim ćelijama i potencirao RAC1-induciranu aktivaciju NFKB i JNK.[11]

Koristeći analizu delecija, Sabbah et al. (2006) identificirali su elemente u ljudskom BIND1 promotoru koji su posredovali njegovu aktivaciju inhibitorima HDAC. Ikeda et al. (2008) otkrili su da je afinitet HACD3 pročišćen iz transficiranih HeLa ćelija pretvorio 3-hidroksipalmitoil-CoA u 2,3-trans heksadecenoil-CoA. Ostali članovi porodice enzima HACD, uključujući HACD1 (PTPLA), HACD2 (PTPLB) i HACD4 (PTPLAD2), pokazali su istu aktivnost, ali svaki je imao različit afinitet i brzinu reakcije. Analiza koimunoprecipitacije transficiranih ćelija HEK293T otkrila je da HACD3 preferira interakciju s nekoliko enzima kondenzacije FA , vjerovatno u kompleksu FA elongaze.[12]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000074696 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033629 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Courilleau D, Chastre E, Sabbah M, Redeuilh G, Atfi A, Mester J (Jul 2000). "B-ind1, a novel mediator of Rac1 signaling cloned from sodium butyrate-treated fibroblasts". J Biol Chem. 275 (23): 17344–8. doi:10.1074/jbc.M000887200. PMID 10747961.
  6. ^ Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J, Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (Nov 2000). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
  7. ^ "Entrez Gene: PTPLAD1 protein tyrosine phosphatase-like A domain containing 1".
  8. ^ Sabbah, M., Saucier, C., Redeuilh, G. Human B-ind1 gene promoter: cloning and regulation by histone deacetylase inhibitors. Gene 374: 128-133, 2006. PubMed: 16516406
  9. ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 8/12/2014.
  10. ^ "UniProt, Q9P035". Pristupljeno 17. 7. 2021.
  11. ^ Courilleau, D., Chastre, E., Sabbah, M., Redeuilh, G., Atfi, A., Mester, J. B-ind1, a novel mediator of Rac1 signaling cloned from sodium butyrate-treated fibroblasts. J. Biol. Chem. 275: 17344-17348, 2000. PubMed: 10747961
  12. ^ Ikeda, M., Kanao, Y., Yamanaka, M., Sakuraba, H., Mizutani, Y., Igarashi, Y., Kihara, A. Characterization of four mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydratases involved in very long-chain fatty acid synthesis. FEBS Lett. 582: 2435-2440, 2008. PubMed: 18554506

Dopunska literatura

uredi